酸奶含钙量较少，婴儿正在生长发育，需大量钙，且酸奶中由乳酸菌生成抗生素，虽能抑制和消灭很多病原体微生物，但同时也破坏了对人体有益菌的生长条件，同时也影响正常消化功能，尤其对肠胃炎的婴儿和早产儿更不利。

儿童饮用酸奶后要及时漱口，随着乳酸系列饮料的发展，儿童龋齿率也在增加，这是乳酸菌中的某些细菌起的主导作用。