为科学衡量疾病预防控制体系提供公共卫生服务的能力和效率，卫生部疾病预防控制局依据40号部长令《关于疾病预防控制体系建设的若干规定》，组织有关专家编制下发了疾病预防控制绩效考核指标（征求意见稿），力图从疾病预防控制体系的工作结果、行为特征、胜任能力特征等多个角度科学评估疾病预防控制工作能力和效率。
    该指标包括《区域疾病预防控制工作评价指标》和省级、地市级、县级疾病预防控制机构绩效考核指标4个体系，其中区域绩效考核指标体系涵盖6大类、17个指标，省、市、县三级疾控机构绩效考核指标体系分别为8大类、34个项目、77个指标，8大类、35个项目、104个指标和8大类、35个项目、101个指标。
    为认真贯彻《卫生部疾病预防控制局关于下发疾病预防控制机构绩效考核指标（征求意见稿）的通知》要求，全面促进我省各级疾控机构疾病预防控制业务能力和水平的提高，省疾控中心决定2008年在全省省、市、县三级全面实施绩效考核。
目前，省疾控中心已结合我省实际完成了对省级和市级疾病预防控制机构2008年绩效考核内容和标准的修订、完善和编制工作，并下发各市和中心内部各处（所）室贯彻执行；县级疾控机构的绩效考核则由各地市参照卫生部疾病预防控制局下发的《县级疾病预防控制机构绩效考核指标》，结合当地实际情况执行。